琼脂糖凝胶电泳是一种以琼脂或琼脂糖为支持介质的电泳方法。这种技术适用于分子量较大的生物样品，如大分子核酸和病毒等。在分离这些样品时，通常会选用孔径较大的琼脂糖凝胶进行电泳。对于一般的核酸检测，琼脂糖凝胶电泳足以满足需求；然而，当需要更高分辨率的电泳时，特别是在仅有几个碱基对（bp）差异的情况下，聚丙烯酰胺凝胶电泳将是更佳选择。针对大规模DNA链，脉冲凝胶电泳是一个理想方案，因为普通电泳可能导致DNA无法穿出凝胶孔而造成缺带现象。

在琼脂糖凝胶电泳中，凝胶的浓度通常设定在0.5%至2%之间。低浓度琼脂糖适合于大片段核酸的电泳，而高浓度琼脂糖则用于小片段的分析。操作时需注意，低浓度的凝胶易碎，因此使用高品质琼脂糖并小心处理是非常重要的。此外，高浓度凝胶可能会影响相近分子量DNA条带的分辨率，从而出现条带缺失的现象。

常用的电泳缓冲液包括TAE和TBE，其中TBE的缓冲能力更强。建议使用新配制的缓冲液以提高电泳效果。注意，重复使用的电泳缓冲液会导致离子强度下降、pH值上升，从而可能导致条带模糊及DNA迁移不规则。为了保证电泳效果，电场强度应控制在20V/cm以下，电泳温度不应超过30℃，对于较大的DNA，温度最好保持在15℃以下。过高的电压和温度可能导致条带模糊和条带迁移异常，尤其是电压过大时，小片段可能会跑出胶而缺带。

样品中过高的盐分和杂质蛋白可能会导致条带模糊及缺失现象。可以通过乙醇沉淀去除多余的盐，同时，使用酚可以去除蛋白质。变性的DNA样品同样会导致条带模糊和缺失，并可能影响DNA条带的迁移模式。因此，在上样前，切勿加热DNA样品，并应使用20mm NaCl缓冲液进行稀释，以防止DNA的变性。确保适当的上样量对于获得清晰的条带至关重要。过多或过少的DNA样品都会影响条带的清晰度及信号强度。

在进行DNA电泳时，一定要使用DNA Marker或已知大小的对照DNA，以精确估计DNA片段的大小。选择目标片段大小附近的密集Marker可以提高估计的准确性。同时，Marker本身的电泳条件也需符合标准。例如，使用λDNA/HindIII或λDNA/EcoRI作为酶切Marker时，需提前在65℃下加热5分钟并冰上冷却，以避免由HindIII或EcoRI酶切引起的粘性接头问题，从而减少条带信号弱等现象的发生。

实验室常用的核酸染色剂是溴化乙锭（EB），其染色效果显著且易于操作，但稳定性较差且具有毒性。在观察凝胶时，应根据不同的染料使用合适的光源和激发波长，激发波长的选择至关重要，不当选择可能导致条带观察困难，出现条带模糊现象。Z6·尊龙凯时一直致力于提供高品质的生物医疗技术支持，确保您的电泳实验达到最佳效果。